忍术的历史是从６世纪开始的。当时中国的兵法书《孙子》和佛教一起传到了日本。这本被誉为“世界上最古老、最高明”的兵书有一条教诲——“战争是危险的，不可滥用，运用智谋才是真正的王者之道”。由此发展出了各种各样的忍术。
通常认为最早使用忍者的是苏我马子和圣德太子。马子派东汉直驹接连暗杀了崇峻天皇和其他对抗苏我氏的豪族，扩大自己的势力；而圣德太子据说曾派遣秦的河胜（香具师的祖先）、服部氏族（伊贺忍者的祖先）、大伴细人（甲贺忍者的祖先）等人收集各地的情报。
还有一个对忍术的产生不可缺少的因素就是修验道的影响。当时的僧人行基倡导本地垂迹说，宣扬现世佛教。但是被朝廷认定是邪教而受到迫害。当时保护了行基的就是修验道的头领——役小角和他手下的山伏们。他们以杖术为基础，创造出了独特的山伏兵法，击退了官兵。这种杖术后来分化，并各自发展成了剑术和枪术。
随着时间的推移，空海和最澄从唐国回来，空海在高野山建造了金刚峰寺，开创了全密（真言宗）。最澄在比叡山建造了延历寺建立了显密（天台宗）。近畿圈的山伏们分成了两派，分别守护两座山。同一时期，阴阳道的祖师——安部晴明出现。山伏们又把阴阳道吸收进了山伏兵法，使山伏兵法又得到进一步的加强。其中以出于鞍马八流的八幡太郎源义家为代表人物，新罗三郎源义光、藤原纯友、源义经、源赖光等 ，名将辈出。
二）甲贺忍术和甲贺忍者
甲贺的中央有座海拔６６４米的饭道山，自古以来就是天台宗的三大修行道场之一，这里有很多修验者。他们因为曾在各地云游修行，掌握了很多各地的情报，所以这里也成为了一个情报的交换场所。因此，这里的修验者也就可以与各地的战国大名们发生联系，而且能够更加早的知道时局的变化。这些修验者当中有不少身怀异能的人，其中一些人定居在这里，形成了甲贺忍者的原形。
甲贺位于近江南部的要地，离京很近，运送的伊势的货物又必须经过甲贺的铃鹿峠，可以说这里是近畿圏的军事、经济的重要据点。基于自己的家乡自己守护的想法，后来就产生了被称为“郡中惣”的自治系统。
三）伊贺忍术和伊贺忍者
伊贺也和甲贺差不多。在伊贺，有一座行基开设的叫“伊贺四十九院”的寺院。这里以供奉着弥勒菩萨的本堂为中心，周围围着四十九间山伏房。这里从建立开始，就教授给一般平民各种武术（忍术）。到了平安时代末期，藤原千方、熊坂长范、伊势三郎义盛，和被称为"烟幕之末"的异能集团也加入了他们，势力更盛。而伊贺流忍术的始祖——服部平左卫门家长也登上了历史舞台。
据说服部家长在坛之浦合戦中战死了。但也有种说法是他活了下来，并逃回了伊贺，把姓改成了“千贺地”。不管这中说法是真是假，这个千贺地氏在数代后出了个叫半三保长的，他带着一族人移居到了京，入仕将军家足利义晴，并在那里恢复了服部的姓氏。 本来在伊贺，最有势力的是服部氏、百地氏和藤林氏，被合称为伊贺上忍三家。因为服部氏的离开，百地氏掌握了实权。但是不久之后就发生了与织田家的大激战“天正伊贺之乱”，国灭。
而保长在出仕将军家的第二年，他就离开了义晴，到三河给松平清长工作了。在这里生了服部半藏正成。也就是说，服部半藏正成并不是出生在伊贺的。这一点可能有很多人会觉得意外吧。
四）甲贺郡中惣与甲贺五十三家
战国时期的甲贺有一种被称为“郡中惣”的独特的合议机制，大小事情都由“郡中惣”来决定。在１４８７年发生的长享之乱中的钩之阵中活跃者的住在甲贺的五十三个地侍（乡士）被称为甲贺五十三家，其中最重要的被六角家授予感状的二十一家被称为甲贺二十一家。
１）钩之阵和甲贺忍者
照片中的是钩之阵时义尚本阵真宝馆(永正寺)
钩之阵发生于１４８７年。当时以观音寺为大本营不断积聚着力量的六角氏无视足利幕府的命令，将军足利义尚派兵讨伐，于是就爆发了同六角家的战争。
义尚动员了诸国的大名逼近六角家的居城观音寺，六角政赖、高赖 父子弃城逃往甲贺城。于是义尚把本阵移到栗太郡•鈎的安养寺，并攻落了甲贺城。逃出来的六角父子命令手下的甲贺武士在山里展开游击战。
甲贺武士们利用山里的地形，不断的发动各种奇袭，有时候又借着夜幕的掩护潜入义尚的本阵放火、放烟，给幕府军吃了不少苦头。
这场战争一直没分出胜负，到了１４８９年，义尚在阵中去世，前后历时三年时间的战争终于结束，六角家生存了下来。这一战，神出鬼没的游击战和高强的战斗力，使甲贺武士之名传遍全国。
参加了这一战的甲贺五十三家的地侍们被称为“甲贺五十三家”，直到甲贺地方被织田信长席卷为止，他们都在六角手下进行谍报工作和战斗。
2）甲贺郡中惣
甲贺虽然属于六角家，但是他们有一个被称为“惣”的地域连合体，以少数服从多数的原则决定着郡内的大小事务，这在这个时期全国的“里”当中是非常罕见的。
“惣”有三种——“郡中惣”、“地域连合惣”、“同名中惣”。各氏族分别属于不同的“惣”，按事情的大小由相应的“惣”决定，然后大家按统一步调行动。
照片里的是甲贺流忍术屋敷(望月出云守旧宅)
照片中的望月出云守屋敷遗址(现甲贺流忍术屋敷)位于“龙法師”（地名）。这个望月氏是信浓望族滋野氏的支流，与伊贺的服部家并称“甲贺望月、伊贺服部”，是甲贺的大姓。以“六连钱”为家纹的真田氏也同样是滋野氏的支流。真田忍者可能与这个甲贺望月氏有某种关系。
郡中惣
这是由五十三家中选出十家代表，他们的合议决定全郡的行动。他们没有身份差异，各家都是平等的。
地域连合惣
二十一家各自分成“柏木三家”、“北山九家”、“南山六家”、“庄内三家”四个区域，各自控制各自区域内的其他五十三家各族，决定各自区域内的事务。
同名中惣
五十三家的各氏族都会选出一个代表者，称为“同名奉行”。由本家，分家的同名一族参加，决定本氏族的行动。本家、分家的发言力几乎是没什么差别。
但是，这些惣的机能也在渐渐的弱化。即便是团结、善战的甲贺众，只要还跟从着如夕阳般没落的六角家，他们也是没有能力阻止织田信长的进攻的。１５６３年１０月，六角义治杀害了重臣后藤贤丰父子，世称“观音寺骚动”，六角家变的更加虚弱。１５６８年９月、在雍立足利义昭进京的织田信长大军面前，家臣纷纷倒戈，六角父子逃进了甲贺，这样近江六角氏就事实上灭亡了。
这之后承祯•义治父子也曾利用残余的甲贺众进行了一些抵抗，比如有名的杉谷善住坊暗杀信长未遂事件等，但是到了信长建造起安土城，确立了霸权后，他们就完全从近江消失了。
五）伊贺惣国一揆与天正伊贺之乱
和甲贺一样，伊贺在战国时期也有被称为“伊贺惣国一揆”的自治共和体制，其中心就是“伊贺上忍三家”。
1）伊贺惣国一揆与上忍三家
战国时期的伊贺，东北部东汤舟乡有藤林长门守率领的藤林氏，南部与大和国连接的城山和东部的友生村喰代乡有百地丹波守率领的百地氏，中央的予野还有千贺地服部宗家，他们各自建造了城塞堡垒。
伊贺一直到镰仓末期，其土地的百分之九十都是大和东大寺的庄园。也就是说幕府任命的守护大名、地头只能控制百分之十的土地，所以就形成了伊贺的地侍们不受幕府支配的特异背景。等到东大寺的势力衰退后，各庄园的地侍互相侵略，形成了数十个独立势力。在这种状况下，为了保护家园，各家都必须都拥有自己的情报网，善于收集情报的忍者们自然就在这里活跃起来。但是最终成气候的就是千贺地服部家、藤林、百地氏这三家了。
就这样，没有国主，每一族组成一党，各族一起制定了共同规则，对于重要事情，各党之间互相传递文件，依照不同情况，以联合签名等形式来决定。并且他们从伊贺地侍中选出十二个代表来负责运作这个机制。这就是伊贺惣国一揆。
2）天正伊贺之乱
照片中是伊贺上野城
１５８１年９月发生的“天正伊贺之乱”是一场有名的大杀戮。
在这个事件发生的三年前，也就是１５７８年，伊勢的北畠信雄开始在神户（不是现在大阪附近的那个神户市）建造丸山城作为攻打伊贺的桥头堡。伊贺的地侍•百田藤兵卫等先发制人，抢先发动攻击，赶走了负责筑城的泷川雄利，放火烧毁了丸山城。这下本来就在织田家没什么大功劳的信雄更加遭到了其他家臣的轻视。急于报复的信雄在没有完全准备好的情况下就发动了对伊贺的攻击。结果残败，在山地战中遭到了伊贺势的迎头痛击，损失过半。当时在京的信雄的父亲信长得知后，立刻被激怒了。这就是第一次天正伊贺之乱。
两年后的１５８１年９月，信长制定了彻底消灭伊贺的战术。信长以信雄为总大将，率丹羽长秀、泷川一益、蒲生氏乡等六万大军（一说三万余），兵分六路进攻伊贺。迎击的伊贺人马约九千，因为兵力相差太过悬殊，很快的，四十九院等神社佛阁、城塞都被烧毁。
伊贺人马几乎被全灭，百地丹波等退守伊贺南西端的柏原城。织田军以三万大军包围了这座小城。就在大家都认为第二天就能攻下这小城的时候，信长下了道众人难以置信的命令：“不许强攻，进行和谈，让他们带着残兵退去好了，避免流血。”这个是信长自己的想法还是别人促使信长这么做的，这个问题完全没人知道。就这样，百地丹波逃到了纪州，从此在历史的表面舞台上消失了。这就是被称为伊贺平定战的第二次天正伊贺之乱。
3）迷一样的人物•百地三太夫
百地三太夫是很多故事、小说中的忍术达人，被描写成是石川五右卫门的师傅。一般认为百地三太夫是虚构人物，但是也有资料显示：“三太夫是百地清右卫门之子，１５７１年出生于伊贺国名张中村，是实际存在过的人物。在天正伊贺之乱以前住在名张龙口，在变乱发生前的不久，搬到喰代之里的伯父百地丹波那里。”按这个记录，天正伊贺之乱时伊贺的首领并不是三太夫，因为他当时只有十岁。
天正伊贺之乱结束后，百地丹波守带着三太夫和其他一百人左右，离开高野山，来到纪州根来里定居，百地三太夫从这个时候就从历史舞台上消失了，但是没想到不久后再次以百地丹波的名字出现了。
等到大阪之阵，岛原之乱都结束，终于和平来临的１６４０年，藤堂釆女被任命为伊贺城代家老。这个藤堂釆女本来的名字叫保田元则，父亲是千贺地半藏则直，是服部半藏正成的哥哥。他招揽隐居在纪州的百地丹波之子•保武为伊贺藩士，让他继承了甲贺的名门藤林家。后来这个藤林保武编写了被称为是忍术书最高峰的《万川集海》。而他留在纪州的弟弟正武也开创了忍术新楠流，写了著名的《正忍記》。也就是说，被称为“忍术秘传书的双璧”的两本书都是出于百地丹波的儿子之手。代替被改易的服部家的成为伊贺的城代家老统治伊贺的是半藏的外甥，百地丹波的子复兴了藤林家，写出了《万川集海》《正忍記》流传于后世，在九泉下的半藏正成也一定很高兴吧。
据说丹波曾一度回到伊贺，但是没有住下来，而是到天正伊贺之乱的最后一战的地方——柏原城附近大和国龙口隐居，在此终老。
